Você configurou o Apache 2 para permitir que os usuários tenham disponíveis uma página em sua home. Provavelmente você deve ter executado em algum momento o comando

sudo a2enmod userdir

que habilita o módulo userdir.

Assumindo que agora você está utilizando um sistema baseado no CakePhp no usuário “user” na pasta “cake” (/home/user/public_html/cake). Os arquivos .htaccess devem conter os seguintes conteúdos:

# No arquivo /home/user/public_html/cake/.htaccess
RewriteEngine on
RewriteBase /~user/cake/
RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
RewriteRule    (.*) app/webroot/$1 [L]

# No arquivo /home/user/public_html/cake/app/.htaccess
RewriteEngine on
RewriteBase /~user/cake/
RewriteRule    ^$    webroot/    [L]
RewriteRule    (.*) webroot/$1    [L]

# No arquivo /home/user/public_html/cake/app/webroot/.htaccess
RewriteEngine On
RewriteBase /~user/cake/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php?url=$1 [QSA,L]

</p>

Se o seu sistema está em modo de produção, é melhor trocar a linha

RewriteBase /~user/cake/

por

RewriteBase /~user/

e mover todos os arquivos diretamente para a pasta public_html.